水合与酶的活化
这个阶段吸胀基本结束，种子细胞的细胞壁和原生质发生水合，原生质从凝胶状态转变
为溶胶状态 。 各种酶开始活化，呼吸和代谢作用急剧增强 。 如大麦种子吸胀后，胚首先释放赤霉素并转移至糊粉层，在此诱导水解酶（α-淀粉酶、蛋白酶等）的合成 。 水解酶将胚乳中贮存的淀粉、蛋白质水解成可溶性物质（麦芽糖、葡萄糖、氨基酸等），并陆续转运到胚轴供胚生长的需要，由此而启动了一系列复杂的幼苗形态发生过程 。
细胞分裂和增大
细胞分裂和增大时吸水量又迅速增加，胚开始生长，种子内贮存的营养物质开始大量消耗 。
胚突破种皮
胚突破种皮时胚生长后体积增大，突破种皮而外露 。 大多数种子先出胚根，接着长出胚芽 。
长成幼苗
长成幼苗以后长出根、茎、叶，形成幼苗 。 有的种子的下胚轴不伸长，子叶留在土中，只由上胚轴和胚芽长出土面生成幼苗，这类幼苗称为子叶留土幼苗，如豌豆、蚕豆等 。 有些植物如棉花、油菜、瓜类、菜豆等的种子萌发时下胚轴伸长，把子叶顶出土面，形成子叶出土幼苗 。
自身条件：
有完整的和生命力的胚
被昆虫咬坏了胚的种子不能萌发 。 种子在离开母体后，超过一定时间将丧失生命力而不能萌发，对不同种子而言其寿命时间长短不同 。 例如：柳种子仅有12小时，花生1年，小麦和水稻一般能活3年，白菜和蚕豆的能活5~6年 。
有足够的营养储备
正常种子在子叶或胚乳中储存有足够种子萌发所需的营养物质，干瘪的种子往往因缺乏充足的营养而不能萌发 。
不处于休眠状态
多数种子形成后，即使在条件适宜的情况下暂时也不能萌发，这种现象被称为休眠
。 形成的主要原因：一是种皮障碍 。 有些种子的种皮厚而坚硬，或种皮上附着蜡质层或角质层，使之不透水、不透气或对胚具有机械阻碍作用 。 二是有些果实或种子内部含有抑制种子萌发的物质 。 比如某些沙漠植物在长期的生活中，为了适应干旱的环境，在种子表面具有水溶性抑制物质，只有在大量降雨后，这些抑制物质被洗脱掉才能萌发，以保证形成的幼苗不致因缺水而枯死 。 对于休眠的种子，若需促进萌发，应针对不同原因解除休眠 。
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