罗辑苏醒后，因为一百多年来地球科技进步给人类带来了乐观精神，认为三体必败，面壁计划也被认为是失败的，他被取消面壁人身份 。
此时亚洲舰队“自然选择”号执行舰长章北海虽不是思想钢印族，也认为人类必败，由于地球禁止逃亡（地球人类不可能都逃亡出太阳系，不患贫患不均，所以联合国只好宣布逃亡主义非法），章北海便操作“自然选择”号连带追击舰蓝色空间号、进取号、深空号、终极规律号逃亡，想为人类留下文明的种子 。 在逃亡中，因为补给不足问题，各舰船间互相产生了猜疑，都认为对方会先发制人发动攻击夺取能源与物资 。 都把枪口指向了战友，“黑暗战役”爆发，章北海阵亡，最终“蓝色空间”号幸存并逃亡（“蓝色空间”号舰长褚岩疑为钢印族） 。
而三体在罗辑对太空广播恒星187J3X1坐标以后便意识到必须抢时间到地球封锁地球的广播能力，所以派出先进的武器“水滴”于此时先行到达太阳系，水滴不费吹灰之力便消灭了几乎全部的地球太空舰队，并呆在太阳附近干扰电磁波，封锁了人类利用太阳做放大器的对外广播能力 。 地球太空舰队中只有量子号和青铜时代号逃离了战场 。 途中同样爆发了“黑暗战役”，最终“青铜时代”号幸存并逃亡 。
人类终于观测到恒星187J3X1被“光粒”摧毁，罗辑的咒语生效了，于是罗辑被恢复面壁者身份，由于太阳已经被封锁，罗辑也没有了抵抗三体的有效方法，开始领导在三体人看来没有作用只是安抚地球人情绪的“雪地工程” 。 因此被人们轻视并被逐出居住处，孤身一人的罗辑来到叶文洁和杨冬的墓碑旁，拿出手枪对准自己的心脏，通过无处不在的智子与三体对话 。
原来罗辑利用雪地工程，在太阳轨道上布置了三千六百一十四枚核弹，如果罗辑死去，所有核弹将被引爆，包裹核弹的油膜物质会形成围绕太阳的星际尘埃，在尘埃云团的遮挡下，太阳将在波段上发生闪烁 。 所有核弹的位置经过布置，使太阳闪烁形成的信号发送出三张图形，组合成三体世界的三维坐标图 。 太阳变成银河系中的灯塔，把咒语发送出去，当然太阳系和地球的位置也会同时暴露，这是玉石俱焚的方法 。
三体人接受了罗辑的谈判条件，三体舰队偏离太阳系，地球与三体暂时和平 。 三体向地球传授科学知识，地球则利用自身爆炸性进步的优势（三体几乎是匀速发展）反过来帮助三体拯救偏离航道的三体舰队，黑暗森林威慑建立，庄颜和孩子被唤醒与罗辑团聚 。
由于核弹开关要是掌握在集体手中，就起不到太大的威慑作用（因为要是三体不惧怕广播的风险进攻地球，在三体舰队到来前人类还有至少一代人的时间可以存活，这对活着的人就是全部了；如果为报复三体的进攻，向宇宙广播三体世界的坐标，地球一同暴露的话，来自不明世界的毁灭打击随时都可能到来，这个结果远糟于放弃广播 。 所以当三体进攻时，人类的群体反应完全可以预测：放弃广播三体坐标 。 但是如果开关掌握在某一个人手中，个体的反应则无法科学预测，威慑力度大于集体掌握 。 ）因此联合国把开关交回给罗辑，罗辑成为“执剑人”（手执高悬两个文明头顶的达摩克利斯之剑） 。 也许是为了让庄颜和孩子彻底得到平静的生活，也许是受不了自己丈夫手握两个文明命运的沉重，也许是成为执剑人的巨大压力让罗辑异化，几年后庄颜带着孩子离开 。 罗辑每时每刻都不能有任何的软弱被三体看出，开始了长达50余年孤身一人与三体人对峙的执剑人生涯 。
此间逃亡在外的“青铜时代”号见威慑成立欲返回，被诱回地球后，所有人被以反人类罪逮捕，“青铜时代”号向“蓝色空间”号发出警告讯息，“蓝色空间”号加速逃离 。 地球舰队的“万有引力”号与三体的水滴编队，开始追捕“蓝色空间”号（对其穷追不舍的原因是担心逃亡飞船会因为报复，对外广播两个文明的坐标） 。
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